蛋白质印迹法（Western Blotting）的6个基础步骤：1.样品制备2.通过凝胶电泳分离蛋白质 3.蛋白质转移（电印迹）到膜上 4.膜封闭 5.免疫检测6.靶蛋白显印
WB法可用于检测天然和合成来源的蛋白质。来自表达系统的重组蛋白和来自生物样品的内源蛋白都可以用蛋白质印迹法检测。
对于要通过WB分析的蛋白质，首先必须要处理含有目标蛋白的样品，以使目标蛋白质可用于分析。例如，在筛选表达时，通过裂解细胞来释放蛋白质，使其进入分离基质。
蛋白质提取之后可以进行变性和还原，目的是将蛋白质分解成一级结构，因此蛋白质在电泳期间可以根据不同的分子量分离。
十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺变性凝胶电泳 (SDS-PAGE) 使用Sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide（SDS）包裹蛋白质，掩盖蛋白质固有的电荷并赋予它们大小成正比的整体均匀电荷。
接着要使用凝胶电泳将蛋白质分离，将样品加载到凝胶中，并施加电压，蛋白质向正极迁移。凝胶的密度阻碍了它们的迁移，使它们能够按大小分开。分离后，通过将凝胶和膜直接接触并施加电场将蛋白质拉入基质中的原理，将蛋白质转移（electroblotted，电印迹）到膜上。
蛋白质转移之后是膜封闭步骤，该步骤使用蛋白质溶液来最大限度地减少非特异性相互作用。然后将膜与特异性结合目标蛋白质的一抗一起孵育。在进一步的封闭步骤之后，偶联的二抗与一抗结合，从而使靶蛋白可视化。
比色或化学发光底物都可用于显示来自报告酶偶联物的信号。使用成像设备检测来自荧光染料偶联物的信号，并可用于同时检测多个目标。
