合金弹头3D由SNK Playmore于 1996 年所推出的横向滚动条 2D 动作过关游戏《合金弹头》的同名家用版原创续作,也是系列作推出 10 周年纪念作。
采用全3D方式来呈现,美观的画面、更高的自由度以及更为灵活的战斗方式。
游戏除了承袭系列的独特世界观、故事背景与角色之外,并加入了新要素,包括“角色育成”和“虫战车改造”等,根据取得的道具与获得顺序的不同,将可产生出各种要素的变化.
在一次巡查任务中,马克和塔尔玛发现了摩登军隐藏在一座小村庄里的秘密基地。摩登发动的几次政变一次次的被主角小队粉碎。
经历了一系列失败后,摩登在军事上变得无能为力,但就在每个人都认为摩登就要沉寂下去时,情报部又传来了消息。在不远的一个小山村中,隐藏着一支中等规模的部队,总部希望马克前去调查。
塔玛乐观的认为这只是个小麻烦。马克隐约感觉摩登又开始行动了,果然,在他们到达地点时,便遭受了攻击,而攻击他们的人正是摩登军。马克与塔玛协商后决定分头行动,马克对摩登军进行奇袭,而塔玛回总部呼叫援军。在马克消灭了现场的摩登军后,总部传来摩登军入侵的消息。原来在马克离开总部后,艾伦·奥尼尔便带领摩登军的坦克部队对正规军基地发起突袭,英里三人带领正规军部队奋力抵抗,但还是没有阻挡住艾伦的坦克部队。当马克返回时,基地已经被摧毁,小队其他成员也下落不明。
马克决定独自追寻摩登军的行踪,在掉进艾伦的陷阱后被假扮成摩登士兵的英里救下。马克与英里分析情报后发现,整件事情的开端就是,摩登得到了遥遥领先于现代科学的力量结晶“阿拉托尔”,但仅凭摩登的力量是没有办法去解析它的。在摩登犯难时,摩登新的协助者“奥格玛”出现了,奥格玛给摩登军提供了资金,并且用自己的技术成功解析了“阿拉托尔”,所以摩登才会有这样强大的的力量。
在了解情况后,马克和英里便出发去袭击摩登的大本营,一路上击败了阻挡他们的敌人,也与小队其他成员重新汇合,也是成功将奥格玛和摩登将军逼到绝境,在无奈之下,摩登将“阿拉托尔”这个最终武器托付给了奥格玛,打算用它反败为胜,就在小队成员打算冲进去阻止他们启动阿拉托尔时,意外发生了,原本跟摩登一伙的奥格玛突然命令手下攻击摩登,这场看似摩登主导的战争,实则,另有其人。